结垢的柴油发电机组水箱使它的壁厚增加，每增加一点水垢，散热效果缩小一点，使它的热量散发得很慢，最后会使冷却效果越来越差，管壁上粘结的水垢，不仅影响的是水箱，还会，从而导致柴油发电机组工作的温度升高。
清除柴油发电机水箱内水垢的正确流程是：首先用30 公斤水，2.5公斤苛性钠，0.6公斤煤油配成清洗液，倒入水箱中。然后启动柴油机，中速运行10分钟左右后熄火。等10至12小时后再重新启动柴油机，中速运转10分钟左右熄火，放出清洁液。加入清洁的冷却水后起动柴油机，中速运行自行清洁。如此反复2至3次，就可以将水垢彻底清除干净。
